Folhas de Remunerações em falta desde Novembro de 2010

Boa tarde colegas, se fosse possível gostaria de ter a vossa opinião relativa à seguinte situação:

Precisava de enviar as folhas de Remunerações de um funcionário (de um dos meus clientes) que trabalhava apenas umas horas por mês, e que pediu licença sem vencimento a partir de Setembro de 2010.
Devido a um lapso (muito infeliz!!) a empregada de escritório, cessou o respectivo funcionário através da Segurança Social Directa (não estava ao corrente da real situação). No entanto, este meu cliente tinha um outro funcionário (que entrou em Abril 2010) e que beneficiava da isenção do pagamento da Segurança Social durante dois anos (1º emprego). Agora recebeu uma carta da Segurança Social a dizer que o benefício iria acabar, pois o nº de funcionários em Dez de 2009 era igual ao de Dezembro 2010, pelo que não houve criação liquida de emprego.

Como o funcionário não aparece na folha de remunerações que é enviada para a Segurança Social porque está de licença s/ vencimento e existe a cessação (que foi mal feita), não sei como dar a volta à situação...

A minha ideia era enviar apenas uma folha de remunerações desde Setembro de 2010 até agora (apesar de o funcionário estar efectivamente com licença sem vencimento), visto que o meu programa informático possibilita essa hipótese.

O maior problema, é que de acordo com o novo código contribuitvo, as multas são altíssimas

e pelo que eu depreendo ao ler o código só é permitido enviar um mês (atrasado)...

E mesmo que eu envie uma folha de remunerações com todos os meses anteriores, eles irão aplicar coima a todos os meses??

Se me poderem dar uma ajuda com a maior brevidade possível agradecia, visto ter 10 dias para dar resposta