Se não introduziu os valores em Janeiro penso que já só pode em Fevereiro - a solução, a meu ver, passa por o mês de Janeiro não ter movimento e ir tudo em Fevereiro já que o ficheiro sai por mês. Penso que não há outra opção visto ter que se enviar sempre do mesmo modo o ficheiro por isso para que não haja divergências de valores é preferivel ir tudo em Fevereiro pois se envia o de Fevereiro só com o movimento do mesmo as contas nunca mais ficam corretas caso haja cruzamento de dados (com DP IVA ou IRS IRC IES) como por certo haverá.
Se houver alguma fiscalização penso que existe justificação para o tal como o documento comprovando que a máquina apenas chegou nessa data.