Menção no NIF do adquirente nas aquisições em países Membros

Boa tarde a todos os membros do Fórum.
É a primeira vez que estou a participar com uma dúvida. Espero sinceramente que me possam ajudar, agradecendo desde já a vossa disponibilidade para uma eventual resposta.

Faço parte de uma Associação sem fins lucrativos que é parceira em vários projetos de âmbito europeu, financiados pela Comissão Europeia. No âmbito da execução destes projetos, os nossos colaboradores têm várias deslocações a reuniões ao estrangeiro (países membros).
A nossa associação para fazer face às despesas suportadas pelos colaboradores na deslocação paga-lhes ajudas de custo (alimentação) nos termos e limites definidos pela lei para as deslocações internacionais (mapa de itinerário). Depois para pagar ao colaborador as despesas com táxi, comboio, autocarro, metro, comboio, hotel, etc, a nossa associação pede ao colaborador elaboração de um mapa próprio com a relação das despesas onde constem os dados do colaborador e o justificativo das despesas. Anexado a esse mapa vão sempre anexadas as faturas/recibos originais das despesas.

O que acontece é que, muitas vezes, estas faturas não contêm o nosso NIF porque os prestadores de serviços nestes países desconhecem este procedimento ou não são obrigados a fazê-lo. O que eu queria era saber se podemos vir a ter algum problema com a AT por estarmos a pagar estas despesas ao nosso colaborador com base em documentos que não incluem o nosso NIF. Se sim, gostaria de saber se há alguma forma de resolver este problema que é recorrente.
Se possível, agradecia muito, que me indicassem a legislação onde posso encontrar esta informação.

Obrigado