VERBA 2.27

Bom dia,
Peço a v/ajuda para o seguinte:

Vai ser efectuada uma obra de remodelação de um prédio habitacional onde existem algumas lojas, cujo valor da empreitada irá ser facturado á administração do condominio.
Os andares como são de habitação estão abrangidos pela verba 2.27 ou seja iva a 6%,as lojas comerciais estão excluidas desta verba. Assim sendo como se deve proceder em termos de facturação? Faz-se uma factura respeitante aos andares a 6% e outra respeitante á permilagem das lojas a 23%? Agradeço a v/ ajuda.
Cumprimentos
Joaquim Rodrigues