Fatura de bem em 2ª mão

Como diz que "...factura de compra virá com IVA...", quase de certeza que a factura não terá uma menção equivalente ao nosso «IVA - Bens em segunda mão», então tem que liquidar IVA nas vendas ao regime normal, Basicamente:

1996 DL199 - Artigo 3º
1 - ... são sujeitas ao regime especial de tributação da margem, desde que este tenha adquirido e...:
...
d) A outro sujeito passivo revendedor, desde que a transmissão dos bens por esse outro sujeito passivo revendedor tenha sido efectuada ao abrigo do disposto neste diploma, ou de regulamentação idêntica vigente ...
in: http://info.portaldasfinancas.gov.pt/NR/rdonlyres/BA8A94EE-71F0-49A6-8007-7C6FBA4A3405/0/Decreto_Lei_199_96.pdf

O IVA da compra não é dedutível, mas poderá solicitar o reembolso ao estado da compra, veja o anexo do decreto-lei 186 2009 (http://info.portaldasfinancas.gov.pt/NR/rdonlyres/10E1A8CE-D4FD-45CF-9DB4-DE12CCCF9E6E/0/DecretoLei_1862009.pdf) e mais detalhes na ajuda geral na entrega de declarações de IVA, opção Submeter Pedido de Reembolso a outro Estado Membro.
No entanto deixe-me dizer, se ele declarou para as finanças que faz aquisições intra-comunitárias, há-de estar no VIES, e não vejo porque razão é que a factura não vem isenta de IVA...