Transação interna em Espanha, Praticada por empresa Portuguesa

Boa tarde.
Tenho uma situação em mãos que gostaria de obter o vosso parecer relativamente ao correto tratamento bem como correta contabilização.
A empresa portuguesa, procedeu a uma venda em Espanha, no entanto por imposição e pelo tipo de cliente que é (falamos de um hospital público), digamos que "obrigou" para que o negócio ficasse ele concretizado, a empresa portuguesa a emitir fatura com um número fiscal espanhol. O fornecedor é ele também espanhol. 
A empresa portuguesa, nesta situação acabou por efetuar o seu registo fiscal em Espanha e consequentemente procedeu à abertura de uma conta bancaria também ela em Espanha.
Resumindo, em nome da empresa portuguesa, com um número fiscal espanhol, procedeu-se à compra e venda dentro do território espanhol. Operação interna em Espanha. Neste caso a mercadoria seguiu direta do fornecedor ES para o Cliente ES.
Um intermediário em Espanha, tratou de pegar na fatura do fornecedor, esta com IVA Espanhol e emitir a fatura em nome da empresa PT mas com NIF Espanhol e com o respetivo IVA Espanhol ao cliente final.
O responsável em questão, uma vez que temos IVA a deduzir e IVA liquidar, sendo o liquidado superior, terá a responsabilidade de entregar o apuramento às autoridades fiscais em Espanha.
A minha questão é, o que fazer do lado da contabilidade portuguesa, que documentos, que registos devo obter do intermediário em ES?
Primeiro a conta bancária em banco de Espanha, está registada na contabilidade em Portugal. Esta mesma conta recebeu o valor pago pelo cliente e consequentemente pagou ao fornecedor da mercadoria.
A fatura de compra bem como a fatura de venda não estão no ERP português (documentos com NIF espanhol), ou seja, falta balancear os documentos com as respetivas movimentações em banco bem como apurar a respetiva margem da venda.
Agradeço vosso atenção e análise da presente situação.
Muito obrigado