Incidência de IRS sobre pagamento de retroactivos devidos de anos anteriores

Está a ocorrer neste trimestre e no primeiro trimestre de 2013 o pagamento de retroactivos a milhares de profissionais de saúde no SNS. Estes montantes referem-se a trabalho prestado nos anos de 2011 e primeiros 7 meses de 2012.
A questão que se coloca é como são tributados estes rendimentos, quer quando recebidos (relativamente à retenção na fonte para IRS, se com a taxa atual, se com a taxa relativa ao períodos a que o trabalho se refere) quer aquando da declaração anual relativa ao período em que se recebem os retroactivos.
Mais serão devidos juros de mora sobre o capital em dívida?
Obrigado.

Já agora que este é o meu primeiro post no forum, Sou Pedro Rodrigues e sou de Leiria. Obrigado