Comunicação de Guias de Transporte

Boa tarde colegas

Uma empresa que tenha um volume de negócios superior a 100 000€ em 2012, ao emitir uma guia de transporte, antes de sair com a mercadoria tem de comunicar à AT, certo? Tendo em conta que se utiliza, um programa certificado para emissão das mesmas, como é que fazemos a comunicação? Extrai-se o saft e envia-se através do e-fatura? ou como é que se procede?
Tenho ainda outra dúvida, exportamos também para países intra comunitários e para países terceiros, essas guias não é obrigatório comunicar, correto? Portanto as guias que comunicaremos à AT não estarão numeradas sequencialmente, pois não enviaremos as que serão para os países referidos, haverá problema?
Será que alguém me poderá ajudar, por favor.