Olá colega.
Eu já tive uma questão em tudo semelhante à relatada, em que um original de uma factura manual foi extraviado, e nesse caso nem sequer tinhamos esse documento digitalizado.
A solução que acabou por ser tomada, foi o fornecedor tirar uma fotocópia ao duplicado, tendo rasurado onde diz duplicado, ecreveu "original". No verso do documento justificou o porquê de uma cópia de um duplicado ser tido como um original (extravio do original no correio) e assinou e datou a sua declaração.
Não sei se será esta a melhor solução, ou mesmo se será legal, mas não tinhamos mais nada a fazer e precisavamos de justificar a despesa... Foi a solução possível.
Espero ter ajudado.
Cumprimentos.
Excelente