como colocar valores negativos numa factura?

Boa noite,

Tenho uma empresa que é uma oficina reparadora de automóveis pesados e ligeiros, como é óbvio presta tb serviços as companhias de seguros, cujos clientes levem as suas viaturas sinistradas, para posterior concerto de chapeiro e pintura.

Como todos sabem essas facturas são enviadas para as companhias de seguros que são as que se responsabilizam pelos danos causados (em representação do outro cliente que lhe foi atribuida a culpa)

No entanto como há franquias que as companhias cobram sou obrigado a colocar essas mesmas franquias nas facturas e que por sua vez que vão deduzir valor ao serviço prestado pela oficina, quero com isto dizer, que a franquia é um valor que tem de estar negativo na factura para abater sobre o serviço mas não posso colocar como desconto!!!!

Trabalho com o sage infologia linha 50 e por isso quero pedir alguém que me ensine como crio um "artigo" em que coloque o respectivo código e depois assuma o valor negativo para deduzir sobre o referido valor.

Sei que a solução mais corrente seria enviar uma nota de crédito "Franquia, referente à vossa apólice XPTO da factura XYZ do dia são / nunca / à tarde"

Mas queria mesmo era saber se posso fazer a tal franquia na factura.

Obrigado