IPSS - Restituição de IVA (URGENTE!!)

Boa tarde Colegas,

Precisava mesmo da vossa melhor ajuda!

O TOC da minha instituição procedeu em fevereiro à elaboração de Restituição de IVA às IPSS (IVA de 2014) mas não o enviou ao Centro Distrital da Seg. Social afim de ser reconhecido ("VISTO") por estes.

Entretanto, a Autoridade Tributária a 7 de julho passado enviou uma comunicação genérica com o seguinte texto:

Constando da base de dados o pedido de restituição de IVA, sem que tenha sido apresentado o correspondente certificado comprovativo (designado "visto"), fica por este meio notificado, nos termos do nº 2 do artigo 53º do Código de Procedimento e de Processo Tributário (CPPT), de que deve remeter à respectiva Direção de Finanças, no prazo de 15 dias, o referido certificado com a confirmação da natureza do adquirente e do destino dos bens, devidamente assinado pela entidade que exerce a autoridade direta, de acordo com o disposto no nº 6 do artigo 3º do Decreto-Lei nº 20/90, de 13 de Janeiro, com a redação do Decreto-Lei nº 238/2006, de 20 de Dezembro, sob pena de, não o fazendo, o mesmo ser arquivado nos termos e em conformidade com o disposto no nº 1 do artigo 53º do CPPT.

Nos dias subsequentes e dentro deste prazo, recolhemos o "VISTO" da Seg. Social e entregamos o mesmo na Direção de Finanças.

Hoje, recebemos uma carta da Direção de Finanças devolvendo o nosso pedido e indicando "não ser possível VISAR o mesmo em virtude de ter sido ultrapassado o período de 90 dias face à data de submissão da declaração".

Já aconteceu alguém algo semelhante?
O que devo fazer agora?
Há volta a dar?

Estão em jogo 70.000€ de IVA e para a nossa instituição é muito dinheiro!

Desde já, grato pela ajuda.

Cumprimentos a todos.
Nubiz