Despesas portagem e gasóleo 2016

Bom dia colegas,

Em relação às ajudas de custo, existe tributação autónoma 5% se passar os limites: 0,36 km que penso que li que devia incluir o preço das portagens, do gasóleo etc + abono. O abono e o custo por km deveria ser estimado por quem??

Então e se os orgãos de gestão e colaboradores o correto seria eles receberem por usarem viatura própria o abono por dia e o respetivos custo por quilómetros eles deveriam colocar mas é essas despesas em nome deles para deduzirem no IRS deles...E nós contabilizamos o custo das deslocações em estada, estou a pensar correcto? Mas se eles trazem as despesas com o NIF da empresa colocamos como custo. O problema é o IVA por exemplo das portagens, dos almoços...também se deduz??
Agradeço qualquer apreciação sobre o assunto

Cumprimentos