RH - Valor Subsidio Transporte

Caros Colegas bom dia

De acordo com Portaria 1553/2008 de 31/12 e DL 137/2010 o valor do subsidio transporte é 0.36 € / km.
Foi atribuído valor diferente Sub. Transporte consoante distância.

Nos processamentos em 2016 (antigo colega contabilista) o Sub. Transporte era tributado em S.Social e IRS.
Ao fazer os processamentos dos recibos de Janeiro, deparei- me com situação em que o Sub Transporte é englobado no cálculo para a S. Social mas NÃO é englobado para a cálculo do valor de  IRS.

Estou a fazer alguma coisa de errado. Houve mudança de software. os códigos de remuneração já estavam pré-definidos no software.

Grata pela atenção dispensada.

Cumprimentos
MTeles

Parece-me que o que está a causar problemas é o nome...
Imagino que no novo programa o subsídio de transporte são os passes sociais (é a única explicação que me ocorre para ter estas configurações...) e no anterior são as ajudas de custo sem as condições legais.
Um conselho, reveja pelo menos as tabelas antes de começar a trabalhar com esse programa.