Bom dia,
Na minha opinião, penso que pela liquidação dar sempre zero, esse pormenor é um pouco irrelevante. E fazer substituição de 2015, não valerá a pena.
Em relação há introdução do IRS 2016, penso que sim, deves de rectificar para a situação correcta, para assim no futuro ficar devidamente preenchido.
Espero ter ajudado.