Facturação: Ajudem-me a entender qual a melhor prática?

Olá a todos!

Criei um website para venda de produtos digitais mas a minha inexperiência na área de facturação faz-me questionar se estarei a agir correctamente. A questão é a seguinte:

Embora o site para vender produtos seja meu, o alojamento dos produtos, processamento dos pagamentos, e envio de factura ao cliente é feito automaticament e por um site externo. Não há nenhuma comunicação entre este site com a AT. Com isso em mente o meu plano de acção é emitir uma factura na AT por cada venda que eu faça no site, embora não a envie ao cliente, já que ele já recebeu uma fatura.

Q. É isto uma prática correcta?
Q. Poderá isto ser um problema para vendas a clientes B2B, onde eles recebem uma fatura (no regime de auto-liquidação de IVA) automaticament e gerada pelo site externo, já que eu terei que ir à AT e criar uma outra fatura também ela com auto-liquidação de IVA?

Provavelmente estou a perguntar algo muito estúpido, mas admito que sou um pouco ignorante nesta área (a tentar melhor aos poucos).

Agradecia qualquer ajuda que me pudessem oferecer.

Obrigado!