Emissão de fatura relativa a um custo não pertencente á empresa

Boa tarde Colegas

Tenho uma situação em que os mesmos accionista tem duas empresas distintas. Houve um contrato para instalação de vigilância, e umas das instalações não pertencem a empresa x mas sim á y, pedimos para anularem a fatura, mas como o lapso foi da nossa parte, está a ser complicado. Poderá a empresa x faturar a empresa y juntando a respectiva fatura do custo em anexo?

Obrigada