Não.
No e-factura, do menu "facturas" clica em "Comerciantes", não clica em nenhuma "sub-opção".
A meio da página terá a opção "Informação Global" que usa para comunicar o total incluindo IVA e facturas com NIF, e o IVA.
Depois de isto feito submete apenas facturas com NIF como tem feito até agora.