Do regime geral para o regime de transparência fiscal

Olá colegas

Tenho um novo cliente que é uma empresa de medicina dentária, unipessoal por quotas. Devia ser tributada pelo regime de transparência fiscal mas o CC anterior sempre fez tudo pelo regime geral.
Será que começando agora a aplicação do regime de transparência fiscal, a AT não irá questionar?

Obrigada