Comunicação faturas mensais e-fatura

Bom dia
Necessitava de ajuda para a seguinte questão, um café tem uma máquina registadora, que dá colocar n.º contribuinte, no entanto ao final do dia o proprietário tira o apuro diário. Neste caso como se pode comunicar as faturas pois parece-me que a portaria 426-A/2012 de 28/12 foi revogada.
Obrigada

Anabela