Contratos a Termo e Isenção de Horário

Boa tarde,

Tenho uma pequena dúvida relativamente aos contratos com isenção de horário. No meu entender a isenção de horário deveria ser um acordo assinado à parte dos contratos. Acontece que, até à pouco tempo, a empresa onde estou esteve a trabalhar com uma empresa externa que tratava dos contratos e todos os contratados com isenção de horário incluíam na cláusula da remuneração, que os mesmo estão sujeitos a isenção e recebem em contrapartida um subsídio de "x" relativo ao tipo de horário.
Agora a dúvida, eu devo incluir nos contratos a isenção ou devo fazer um contrato "normal" e fazer um acordo de isenção que ficará anexo ao contrato enquanto vigorar?

Obrigada desde já pela vossa atenção e ajuda.

O acordo de Isenção de horário é feito á parte em modelo próprio, onde é identificado os artigos da Lei para a justificação do acordo, o tipo de acordo e a forma de pagamento dessa retribuição. 
Espero ter ajudado.