Depende...,
Alterando um pouco a questão para me explicar melhor.
Declaração de IVA - Data de emissão da factura, ou caso não seja cumprida a data limite legal da emissão da factura, se foi por exemplo uma venda de 31/12/2017 facturada a 01/01/2018 isso vai na declaração de IVA de 1T2018 - CIVA08
Modelo 03 anexo B quadro 04 e 13B
Vai no ano em que o rendimento deverá ser considerado para IVA - CIRS3 nº6
Modelo 03 anexo B quadro 6
Vai no ano do pagamento (instruções).