IRS - Unidos de facto

Boa tarde,

Um colaborador no recebido de vencimento está a descontar no vencimento às taxas de retenção na fonte de solteiros. No entanto em conversa questione-lhe o porque de não ter como união de facto. Respondeu-me que já enviou o IRS em conjunto com o companheiro mas que já alguns anos que tem enviado o IRS em separado uma vez que o companheiro faz o IRS no país onde está a trabalhar.
Nesta situação ela ela não pode fazer o IRS junto com o marido, apenas poderá dizer que na declaração que vive em uniao de facto mas optar pela tributação separada?