Olá boa tarde
Não precisa de substituir a declaração, no próximo trimestre, coloca a diferença. Mas para ter a certeza do valor a colocar, aconselho a ir ao portal dá AT e consultar a última declaração do IVA, vai lá aparecer o saldo a usar, é consultar não é obter o comprovativo.
Espero ter ajudado, bom trabalho