localização das operações

uma empresa espanhola que fature a uma empresa portuguesa o transporte de passageiros de Lisboa para Madrid tem que discriminar o valor faturado pelo transporte em território nacional e em território espanhol? uma é isenta e a outra não?

Apenas se localiza em Portugal a parte do preço da viagem face aos KM efetuados em território nacional.

Hipótese 1-O adquirente do serviço é sujeito passivo de IVA:

Neste caso o iva relativo aos KM efetuados em Espanha não confere direito à dedução e é pago em Espanha
O iva relativo aos KM efetuados em Portugal, pode conferir direito à dedução e caso a empresa que presta o serviço esteja registada no balcão único ou registada em portugal a fatura até deverá vir já com o Iva Português caso não esteja registada terá de fazer autoliquidação sobre o IVA dos KM em Portugal

Hipótese 2 - O adquirente não é SP de IVA:

Então a empresa transportadora terá de se registar em Portugal ou balcão único e entregar em Portugal o iva dos KM efetuados em Portugal.