Boa tarde,
Se forem aprovados será sim metade de cada um dos subsídios.
Acaba por ser o equivalente a um salário repartido por 12 meses.
Por exemplo:
Um trabalhador que receba de vencimento base 1200€ terá direito a 1200€ de subsidio de férias e 1200€ de subsidio de natal (em termos brutos).
Quer dizer que se receber metade dos subsídios em duodécimos, todos os meses para além do vencimento base irá ser processado:
 - Subsidio de férias: 50€ [(1200/2)/12)
 - Subsidio de natal: 50€ [(1200/2)/12)
A estes valores terá também que deduzir os descontos legais (seg. social e IRS). A taxa de retenção aplicável será a mesma que aplicaria caso recebesse os subsídios de uma só vez e serão sempre alvo de retenção autónoma (não são incluídos ao vencimento).
Espero ter ajudado
Cara Colega será que me poderia ajudar nas seguintes questões? os duodécimos no privado são so referentes a  metade do sub de ferias e ametade do sub de natal? como se calculam? Estou com a cabeça as voltas pois ouço tanta coisa...muito obrigada
Para ajudar ao cálculo deverá ser feito o cálculo "normal" sem duodécimos.
Tendo em conta o exemplo dos 1.200€:
1.200€ * Taxa de retenção respectiva (ex: 10%) = 120€
1.200€ * Taxa SS (11%) = 132€
1.200€ - 120€ - 132€ = 948€
A esse valor é retirado o valor do rendimento mínimo (485€)
948€ - 485€ = 463€
Sobre esse valor aplica-se a sobretaxa de 3,5%
16,21€
Valor líquido a receber = 948€ - 16,21€ = 931,79€
Aqui poderá haver diferentes interpretações do valor exacto, uma vez que a retenção para IRC é arredondada ao euro, sempre para baixo ou seja ignoram-se os cêntimos, só que neste caso é uma sobretaxa pelo que não me parece que seja para arredondar (e nos simuladores existentes ela não aparece nunca arredondada).
Ora tendo nós as contas feitas para cada um dos subsídios então como serão feitas as contas em duodécimos?
1º aplicar os 50% a tudo:
1.200€ *50% = 600€
120€ * 50% = 60€
132€ * 50% = 66€
16,21€ * 50% = 8,11€
931,79€ * 50% = 465,90€
Depois divide-se tudo por 12:
600€ / 12 = A
60€ / 12 = B
66€ / 12 = C
8,11€ / 12 = D 
465,90€ / 12 = E
(usarei as letras em baixo)
Todos os meses, excepto "Junho e Novembro"
Custo com o trabalhador referente a férias: A x2
Valor a reter em IRS: B x2
Valor a reter para SS: C x2
Valor a reter para sobretaxa: D x2
Valor a pagar: E x2
Junho e Novembro
Custo com o trabalhador referente a férias: 600€ + Ax2
Valor a reter em IRS: 60€ + Bx2
Valor a reter para SS: 66€ + Cx2
Valor a reter para sobretaxa: 8,11€ + Dx2
Valor a pagar: 465,90€ + Ex2
Espero ter sido bem perceptível.
A ideia base é que as contas sejam feitas sem duodécimos, para que o valor final seja o mesmo com e sem duodécimos.
Depois sim aplicam-se os 50% que são os que estão sujeitos a duodécimos. E 50% é então pago nas datas habituais e os restantes 50% divididos em 12 e pagos todos os meses.
Se as contas não forem feitas aos 100%, os valores no final vão variar consoante o método escolhido, o que não é suposto.