Comissões de Vending - como faturar?

Bom dia colegas

gostaria que me ajudassem a esclarecer uma duvída.
Trabalho numa empresa que tenha o CAE - 86100 - ACTIVIDADES DOS ESTABELECIMENTOS DE SAÚDE COM INTERNAMENTO e que efetua única e exclusivamente operações isentas de IVA ao abrigo do artigo 9º, prestações de cuidados de saúde, nunca emitimos nenhuma fatura com IVA o único IVA que liquidamos refere-se a aquisições intracomunitárias. No entanto, no inicio do ano, colocamos umas máquinas de Venda de café automática através de uma empresa de vending e até à data essa empresa quando nos pagava a comissão emitia uma Nota de Lançamento com sinal negativo, agora estão a pedir que sejamos nós a emitir uma fatura!!

Como é que eu emito uma fatura com IVA se a atividade que temos está isenta!?

Alguém me pode ajudar.

Obrigado

VO

Colegas pedia mais uma vez ajuda para a questão colocada.

Obrigado

VO