Problema com facturação iva devido adquirente

Boa tarde, colegas.

Estou com um problema, será que já aconteceu a alguém.

Tenho um cliente que é uma empresa de construção civil que adquire terrenos constroi habitações para posterior venda (isento IVA Art.º 9) e prestaça serviços de contrução civil, para efeitos de IVA está no regime de afectação real.

No ano de 2007 aquando da entrada em vigor do regime de iva devido pelo adquirente, contratou serviços de construção civil a uma empresa para uma das habitações que estava a construir, na altura o prestador do serviço passou a factura com IVA, tendo a mesma sido paga logo de seguida e o respectivo recibo passado.
Acontece que esta empresa, segundo o que soube a uns tempos atrás andava em incuprimento não entregava declarações fiscais nem IVA, nem IRC nem IES ao que sei não entregava nada, facturava e ficavam com o dinheiro, segundo o que me foi informado a empresa foi passada para nome de alguém que nem as finanças sabem quem é, negócios escuros.

Acontece que as finanças através do cruzamento de dados dos mapas recapitulativo s detetaram tudo isto, e veio solicitar copias das facturas passada por esta empresa, tendo recebido hoje uma chamada das finanças a dizer que a emprsea minha cliente tem de entregar o IVA através de declarações de alteração, visto que as facturas deveriam ter IVA devido pelo adquirente.

O que poderei fazer para resolver esta situação, a empresa terá mesmo de pagar, já pagou uma vez ao prestdaor do serviço ele é que não entregou ao estado.