Pode ser emitida uma segunda via da factura e lá escrever-se à mão, carimbar, ou até mudar o template da factura, de forma a que a factura diga lá pago.
E até se pode fazer um documento "avulso" a dizer que se recebeu.
A única obrigação acerca do recibo é a que está escrita no código civil que exige pura e simplesmente que se entregue ao pagador, se pedir, um documento com a descrição e valor.