Sinceramente não tenho fundamentação legal. Sempre me disseram que era assim e não questionei. Sei que existe matéria sobre esse assunto, lembro-me de já ter visto, talvez em algum livro do curso.
Quando o desconto é feito na fatura, incide na base. Mas quando é um desconto de pagamento, ou seja, feito no recibo, é sobre o total.