Não há nada a fazer. Mesmo que tivesse colocado zero, uma vez que teve prejuízo, o valor a pagar de segurança social seria o mesmo.
Na minha opinião essa mensagem da segurança social só veio chamar a atenção para esse campo ser preenchido e para mostrar os valores que se baseiam para as contribuições do próximo ano.
Lembro que o valor a pagar não são 643,35€. Essa será a base, depois terá de aplicar a taxa de 21.4% ou 25.2% conforme o seu enquadramento de TI ou ENI.