No caso da emissão da nota de crédito ocorrer num momento em que já foi entregue a declaração periódica de IVA referente ao período, então, não deverá constar da declaração periódica de IVA. Visto que a regularização do IVA é facultativa a favor do Sujeito Passivo, pelo que neste caso se justifica ainda mais.
Existe um parecer da OCC em relação a este assunto.
Bom trabalho.