RETENÇÃO DA FONTES- em fatura com iva autoliquidação

Boa tarde, preciso de ajuda. Numa fatura do regime simplificado de contabilidade não organizada e já não estou no regime de isenção na area da construção civil com iva de autoliquidação e o cliente está no regime de contabilidade organizada. Como faço a fatura de autoliquidação com retenção da fonte?
o que eu fiz inicialmente não coloquei a retenção da fonte porque achei que era o cliente que ao valor que eu vou receber que deveria fazer a retenção. Agora veio o cliente me dizer que quer que a fatura venha com retenção na fonte. Assim vou ter que colocar outro valor na fatura por o combinado era 1000,00 se eu vou aplicar retenção o total da fatura é menor que valor acordado e eu vou passar no total 10.100€ em várias faturas.
Será possivel ajudar sff obrigada

Vamos por partes.

A retenção na fonte não é para ir na factura, é para ir no recibo, já que o momento da retenção é o recebimento ou colocação à disposição (CIRS101 nº8), sem prejuízo de poder ser colocada na factura apenas como uma mera indicação.

Só que a construção civil está na alínea F, do número 1 do artigo 4, e portanto não é prestação de serviços, é actividade comercial e industrial, englobada pela alínea A, do número 1 do artigo 3º, pelo que não há retenção na fonte porque o artigo 101 não menciona directamente ou indirectamente esta alínea 1 do artigo 3º.

Confira sff as alíneas porque estou a falar de "cor".