Bom dia,
A menos que a comunicação das faturas à AT seja feita em tempo real, o que eu faria era anular de imediato a fatura, uma vez que a nota de crédito deve ser emitida quando se pretende corrigir quantidades e/ou valores.
Tratando-se de um engano, o que é perfeitamente possível, anula a fatura e não tem de a enviar ao cliente porque não houve na realidade nenhuma transação e/ou serviço prestado.
Natal