O pagamento da indemnização do trabalhador à empresa (que desconta no recibo de vencimento) não entra para o modelo 3.
Pegando no exemplo que já aqui deram:
Venc. 500€
SS. 11% = 55€
Ind. 200€
Liquido a receber: 245€
Mas o que é considerado rendimento, e que vai ser declarado no mod 3, são os 500€