A questão colocada tem a ver com movimentos financeiros e não com vendas (nem adiantamentos).
Assim, o documento a emitir deverá ser um documento interno (nunca uma factura) e, salvo melhor opinião, não vejo qualquer razão para que esse documento esteja sujeito ás regras da certificação.
Que tal chamar-lhe aviso de débito / crédito, etc ?
Excelente