IVA em doação a autarquia

Bom dia,

Uma empresa realizou obras de pavimentação e melhoramentos em rotundas numa estrada pública que atravessa a sua propriedade, melhorando os acessos às suas instalações.
As faturas do empreiteiro foram emitidas com IVA Autoliquidação 23% e devidamente contabilizadas pela empresa.
No final do ano, a empresa decidiu "doar" estas obras à autarquia, tendo liquidado IVA à taxa de 6% pois é a taxa que um empreiteiro faria caso tivesse a emitir faturas diretamente à autarquia. Não foi emitida qualquer fatura.
Alguém consegue opinar sobre se o procedimento está correto? Se os gastos são fiscalmente aceites e se a empresa deveria ter liquidado IVA à taxa de 6%?