Cessação de actividade

  Boa noite
  Gostaria que me esclarecesse umas duvidas, para cessar uma atividade temos que prencher uma declaração de cessação de atividade.
Mas essa empresa tem IVA a recuperar devido a um projeto PROCOM:

1- Qual o procedimento para pedir no rembolso do IVA e quantos dias demora.
2- No caso de ter ainda mercadoria tera que pagar IVA dessa mercadoria?

Cumprimentos